Supplement 1. Variable bases in the 16S rRNA sequence from bacteria isolated in 2014, used for principal component analysis. Anno1 M26 M44 M62 M194 M197 M205 M219 M220 M222 M223 M225 M226 M243 M247 M323 M336 M338 M352 M353 M354 M451 M465 M466 M479 M482 M483 M487 M584 M585 M592 M593 M639 M640 M642 M645 M646 M707 M735 M736 M740 M821 M833 M834 M835 M836 M837 M855 M857 M858 M868 M869 M871 M873 M890 M891 M892 M893 M894 M991 M994 M995 M1005 M1006 M1007 M1008 M1009 M1010 M1011 M1012 M1013 M1015 M1016 M1017 M1018 M1019 M1020 M1021 M1022 M1031 M1032 M1035 M1036 M1088 M1093 M1100 M1107 M1136 M1139 M1149 91 Gr4 1 4 3 2 2 4 4 4 1 4 3 3 4 1 2 1 1 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 2 2 1 1 4 2 1 1 3 2 2 1 2 1 1 3 1 2 4 3 2 3 2 1 4 3 3 1 2 2 2 1 2 4 4 1 3 1 3 1 2 3 1 4 1 2 4 2 4 4 1 3 1 2 1 2 4 3 1 4 4 1 258 Gr5 1 4 3 1 3 4 4 4 3 4 3 3 2 4 4 3 1 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 1 1 2 2 4 2 3 1 3 2 3 2 2 1 1 3 1 2 4 3 2 3 2 1 4 3 3 1 2 2 2 3 2 4 4 2 3 1 3 1 2 3 2 4 1 2 4 2 4 1 1 3 1 4 3 2 4 3 1 4 4 1 10 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 1 4 2 1 4 1 2 1 1 2 2 2 2 1 1 1 2 3 3 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 3 1 4 4 1 1 3 2 4 2 2 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120 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 2 4 1 2 4 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 3 2 3 2 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 4 1 1 3 1 2 3 2 4 1 2 4 2 2 3 1 3 1 2 3 2 4 3 1 4 4 1 125 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 2 4 2 1 4 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 2 3 3 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 3 1 4 4 1 1 3 2 4 2 2 3 3 2 4 1 3 1 2 1 2 4 3 1 4 4 1 197 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 1 2 2 1 4 1 2 1 1 2 2 4 2 1 1 3 2 2 1 2 1 1 1 1 2 4 3 2 3 2 1 4 3 3 1 2 2 2 1 2 4 4 3 1 4 4 1 1 3 2 4 2 2 3 3 2 4 4 3 1 2 1 2 4 3 1 4 4 1 269 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 2 4 1 2 4 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 3 2 3 2 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 4 1 1 3 1 2 3 2 4 1 2 4 2 2 3 1 3 1 2 3 2 4 3 1 4 4 1 278 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 2 4 2 3 4 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 3 2 3 2 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 4 1 1 3 1 2 3 2 4 1 2 4 2 2 3 1 3 1 2 3 2 4 3 1 4 4 1 296 Gr5 1 4 3 1 3 4 4 4 3 2 3 3 2 4 4 3 1 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 1 1 2 2 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1 1 3 2 4 2 2 4 1 2 4 1 1 3 2 1 2 4 3 1 4 4 1 NCIMB Gr1 5 4 3 2 3 2 2 3 1 4 4 1 2 4 2 1 3 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 1 1 2 2 4 2 1 1 3 2 3 2 1 2 3 3 2 2 2 3 2 1 2 1 4 3 1 3 1 4 4 3 2 4 4 3 1 2 3 3 1 3 2 4 2 4 4 1 2 4 1 3 1 4 3 1 4 3 2 4 4 1 251 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 1 2 2 1 4 1 2 1 1 2 2 4 2 1 1 3 2 3 3 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 4 4 3 1 4 4 1 1 3 2 4 2 2 3 3 2 4 4 3 1 2 1 2 4 3 4 4 4 1 25 Gr5 1 4 3 1 3 4 4 4 3 4 3 3 2 4 4 3 1 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 1 1 2 2 4 2 3 1 3 2 3 2 2 1 1 3 1 2 4 3 2 3 2 1 4 3 3 1 2 2 2 3 2 4 4 2 3 4 3 1 2 3 2 4 1 2 2 3 4 1 1 3 1 4 3 2 4 3 4 2 2 1 5 Gr2 1 4 3 1 3 2 4 4 3 4 3 3 2 4 4 1 1 2 1 4 2 4 2 3 4 1 1 1 1 2 2 4 2 1 1 3 2 3 3 2 1 1 1 1 2 2 3 2 3 2 1 4 3 1 1 2 2 2 1 4 2 4 3 1 4 3 1 1 3 2 4 2 2 4 3 2 4 1 1 3 2 1 2 4 2 1 2 2 1 12 Gr5 1 4 3 1 3 4 4 4 3 4 3 3 2 4 4 3 1 2 1 4 1 4 2 3 4 1 2 2 2 1 1 4 2 1 1 3 2 3 3 2 1 1 3 2 4 2 3 2 3 2 1 4 3 1 3 1 4 2 1 2 4 4 1 3 1 3 1 2 3 2 4 1 2 4 2 4 4 1 3 1 2 1 2 4 2 1 2 2 1 49 Gr5 1 4 3 1 3 4 4 4 3 2 3 3 2 4 4 3 1 2 1 4 2 2 4 3 4 1 1 1 1 2 2 4 2 3 1 3 2 3 3 2 1 1 3 1 2 4 3 2 3 2 1 4 3 3 1 2 2 2 3 2 4 4 2 3 4 3 1 2 3 2 4 1 2 2 3 4 1 1 3 1 4 3 2 4 3 4 2 2 4 Supplement 2. Sequence data from housekeeping gene sequence analysis, aligned head-to-tail, from bacteria isolated in 2014 and 2017. >ST13 GTTAAACAAATCTCCATCAAGGAAAATCTGACCATCGGTAATCGAAATTACGTTTGTTGGAATATATGCAGAAACGTCACCCGCTTGTGTTTCGATAATTGGTAACGCCGTTAATGAACCACCACCTTTTACGATAGATTTTAATGAATCTGGTAAATCGTTCATGTTTTTTGCGATGTCATCATCAGCAATTACTTTACAAGCTCTTTCTAACAAACGAGAGTGTAGGTAAAAAACGTCTCCAGGATATGCCTCACGTCCTGGTGGTCTTCTTAACAAAAGAGAAACCTCACGGTAAGCAACTGCTTGTTTAGATAAATCATCATAAACAATAAGTGCTGGACGACCAGAATCTCTAAAATATTCTCCAATTGCAGCTCCAGCCATTGGTGCATAAACTTGCATTGGTGCTGGATCAGAAGCATTTGCAGCAACAATAACGGTATAAGCCATTGCGCCTTTTTCTTCTAACATTTTTGCAATTCCTGCTACAGTTGATGCTTTTTGCCCGATAGCAACATATATACAAAATACAGGTTTTCCTGCATCGTAAAATTCTTTTTGATTTAAGATAGTGTCAATACAAACGGTAGATTTACCTGTTTGACGGTCACCAATAACCAACTCACGTTGTCCACGACCTACTGGGATCATTGCATCTACTGCTTTGATACCTGTTTGTAATGGCTCAGTAACTGGTTGACGGAAGATAACTCCAGGAGCTTTTCTTTCTAAAGGCATTTCGTATAAATCTCCACCAATTGGTCCTTTACCGTCGATAGGAAAACCAAGTGTGTTTACTACACGTCCTACCATTTGCTCTCCAACTTTAAGAGCAACAACTTCATCAGGGTTAACTCCTTTAGAGGCTTTTTTACCAAAGAATTTCTCCACTTCGTCAGCAATTCTTGGCATTCTTGTAGAACCACCCACAAGGATAACTTCGTCGATATCTTTTACAGTTAAACCTGCATCTTTTAATGCTTTAGCAACTGGTTCCATAGAACGTTTTACTAAAGTATCAGACAATTGCTCAAATTTAGCTCTTGTTAATTTTTTAACTAAGTGTTTTGGTCCAGAAGCAGTAGCGGTAACGTAAGGCAAGTTAATTTCTGTTTCAGCAGAAGATGACAACTCGATTTTAGCTTTTTCAGCAGCTTCTTTAATTCTTTGTAATGACATTGGGTCAAGACGCAAGTCAATTCCTTCTTCAGCTTTAAACTCATCTGCCAACCAGTCTATGATTGTTTGGTCAAAATCATCTCCACCTAAGTGTGTATCTCCATTTGTAGACAATACTTCAAACACACCATCTCCTAATTCTAGGATAGAAATATCGAAAGTACCTCCACCTAAATCGTAAACTGCGATTTTTTGATCGATACCTTTTTTGTCTAATCCGTAAGCTAATGCCGCAGCAGTAGGCTCATTTATAATTCTCATTACTTTAAGACCTGCAATTTCTCCAGCTTCTTTTGTAGCTTGACGTTGTGCATCGTTAAAGTAAGCAGGAACAGTAATAACTGCTTCTGTAACTGTTTGACCTAAATAGTCTTCAGCTGTTTTTTTCATTTTTTGAAGTGTCATAGCTGACAATTCTTGTGCAGTATATAAACGACCATCAATATCCACACGTGGTGTATTGTTATCTCCTTTTACTACTGAATATGGAACTCTTTTTGCTTCGTCTGTAGTTTCAGAAAAAGAGGTTTTGCATACTTAAAAAAAGCAGCCGCTTATGCTAATTGCGATTTAGGTGTTTTACCAACAGAAAAACGTGATGCCATTGCAGCCGTTTGCGACGAAATATTAGCCGGAAAACTAGACGATGAGTTTCCCTTAGTAATCTGGCAAACAGGTTCAGGAACACAAAGCAATATGAACGTAAATGAAGTAGTAGCTAATCGCGCTCAAGTGCTAGCAGGACACAAAATAGGCGAAGGCGAACAATTTATAAAAGCCAATGATGACGTAAACAAATCACAATCATCTAACGATACGTACCCAACAGGAATGCACATCGCAGCTTATAAAGCAGTTGTAGAAATTACCATTCCAGGTCTAGAAAAATTACGTGATACATTACAAGCCAAAGCAACAGCCTATAACAATATCGTAAAAATAGGTCGCACACACCTTATGGATGCAACACCGCTAACATTAGGTCAGGAAATTTCTGGTTATGTAGCACAACTAAACTACGGAATAAAAGCAGTAAAAAACACATTAGCACACTTATCCGAAGTAGCACTTGGCGGAACAGCCGTAGGAACAGGGCTAAACACACCAGCGGGTTATGATGTAAAAGTTGCGCAATATATTGCGCAATTTACAGGACATCCGTTTGTAACAGCACCCAACAAATTTGAAGCATTAGCAGCACATGACGCTATTGTAGAAACACATGGAGCGCTAAAACAAATTGCCGTTTCATTAAACAAAATTGCAAACGATGTTGCCTAAAGCTGTAAATATATTACGAATCTCTTCGTTTTCAAAAACTTTGTGGTGCATTGCTTTTTCAACATTCAAAATCTTACCACGTAAAGGCAAAATTGCCTGAAAAGCCCTATCACGTCCTTGTTTTGCTGTTCCTCCTGCCGAATCTCCCTCAACAAGAAATACTTCACATTTTGCTGGATCTTGTTCAGAACAATCTGATAGTTTTCCTGGTAAGCCACCACCACCCATTACGGTTTTTCGCTGCACCATTTCACGGGCTTTCTTAGCAGCATGACGTGCTTGTGCTGCCAAAATTACTTTTTGCACAATGATTCTTGCATCATTTGGATTTTCTTCCAAATAATTTTCAATCATATCGCCAACCGCTTGAGAAACTGGAGAAACTACTTCTCTATTTCCTAATTTGGTTTTGGTTTGACCTTCAAATTGAGGTTCAGCAACTTTTACCGAAATAATCGCTGTTAATCCTTCACGGAAGTCATCTCCTGAAATTTCAAATTTCAATTTATCTAACATTCCAGACGAATCTGCATATTTCTTTAACGAACGGGTTAAACCAGTTCTAAAACCTTGCAAATGCGTTCCTCCTTCGTGTGTATTGATATTGTTTACGTAAGAAAAAATATTCTCTGTATAACTTGTATTATAAATTAAGGCAACCTCAACTGGAATCTCTCCTTTATCGTTATCCATAGAAATTACGTGCGCAATAATTGGCTCTCGGTTTCCATCTAAATAACGGATATATTCTTTTAGTCCTTCTGTTGAATGAAAAATTTCTGAAACAAAATTTCCGTCTTTGTCTTTTTCTCTTTTATCTGTAAAAGTAATGGTGATTCCTTTATTTAAAAAAGATAATTCACGCATACGAGCAGATAAAGTGTCATAAGAATACTCTATGGTTTGGGTAAAAATAGAAGGGTCCGGGTAAAAAGTTACAATGGTTCCACGTTTAGTCGTTTCGCCTATTTGCTTTACAGGATAAAGTGCTTTTCCTTTTTCGTATTCTTGCTCGTAAATCTTTCCGTCGCTACTATGAACGGTTGCTCGCAAGTGGTTTGACAAAGCATTTGAACGAGATATTACAATATCGGCAGCAGCATAAACCAAATCCATTCTGTCTATAAATGATAAAACCTGTACATTTTCTTTGCCTGAAAAATGCTTGTAATCTTCAAAATACAATTTGCCACATTGCCAAATAATTTGAACATTTTGCGACAATAACCAATCTATTTCTTTTGCAATTAATTGATTAATTCTTCTGGCACCAAGGCTTCCGCCAAGGATTAATATTGTTTTTTTATTTGCGTCTAATTTAAAATAATCAATTGCTTCATTTCGTTTGCCATCGACTGAAATTAAATCCTGACGAACAGGATTTCCAGTTAATATCATTTTATCTTTTGGAAAAAATTGTTCCAAATTTTCGTAAGCCACACATATTTTATTGGCTTTTTTACTTAATAATTTATTGGTAATTCCAGGATAAGAATTTTGCTCTTGTATCACTGTTGCAATTCCCAATATTGAAGCAACTTTAAGCACTGCGCCGCTGGCAAACCCTCCAGTTCCTATAACAACATCGGGCTTGAATTGTTGTACGATTCCGAATGATTTAACCAAACTTGACAACAACTTAAAGGGAAACATTGCGTTTTGCAAAGTTATTTTTCTTTGTAGCCCTGCAATGCTTAATCCTTTTATATCATAACCTGCTTGTGGTACTTTTTGCATTTCCATTTTGTCTTTGGTTTGAGACATTTTTATGCCCCAATTCATGGCTTGATCATCAGTGATGGAGATAAATTGGGCTCTTTTTGTTTCGAATAAGTGAGCGTGCATGGGGCCAACTCCGGGATAATCTAATCCTGCGGAGATAGAGTAGGGTTCTGTGATTTGTCCGTCTGGACTTTGCATGAGCAGGGTTTTGCTTCCGTGAATAATTCCTATTTTGCCTAATGCTGAGGTGGCTGCGCTTTCTCCAGAATCTATGCCTTTTCCGGCAGCTTCGACCGCAATTATGTTTACTTCTTTTTCGTCTAGGAAGTGATAAAAAGCTCCTGCGGCATTGCTTCCGCCACCTACACAAGCGATGATATAATCTGGATTTTCTTGTCCTTCTTTTTCTAATAATTGTGTCTTTATTTCTTGGGAAATGACACTTTGAAAACGTGCTACCATATCTGGATAAGGATGCGGACCAACTACGGATCCTATAATGTAATAGGTGTTTGTTGGGTTGTTTATCCAATCTCGAATGGCTTCGTTTGTTGCGTCTTTTAGGGTTTTCGAACCTGATGTTGCGGGACGAACTTCGGCACCGAGCATTTTCATTCTCGCTACGTTTGGTGCTTGTCTTTTAATGTCTATTTCACCCATGTAAACAATACATTGCAAACCCATGAGTGCGCAAACGGTTGCTGTGGCTACTCCGTGTTGTCCTGCGCCAGTTTCTGCAATAATACGGGTTTTACCAAGGCGTTTTGCTAGTAAAATTTGTCCAATGGTATTGTTTACTTTGTGTGCGCCTGTAT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>ST23 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>ST231 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>20fA2014 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>34fA2014 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>48fS2014 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>140gA2014 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>164gA2014 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>25fR2014 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>79aA2014 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>128gA2014 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>196dW2014 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>304bR2014 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>10dA2014 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>38fA2014 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>85aW2014 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>145gA2014 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>160gA2014 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>168gA2014 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>434cA2017 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>418cA2017 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>437cA2017 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>452cA2017 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>471fS2017 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>498gA2017 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>578aA2017 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